Progenity mène des recherches en biotechnologie pour améliorer les soins aux patients : les opérations de séquençage génétique produisent des milliards de petits fichiers utilisés pour les tests de diagnostic, et tous ces fichiers sont hébergés sur la plateforme de gestion de données de Qumulo.
Progenity, Inc. est une société de biotechnologie qui fournit aux cliniciens des tests moléculaires complexes et des tests de diagnostic spécialisés pour la santé des femmes, la médecine reproductive et l'oncologie. Progenity mène des recherches sur le séquençage génétique dans des domaines tels que le dépistage des porteurs de gènes, le dépistage de l'ADNFC et le dépistage du cancer, afin d'encourager la diffusion de l'information et, en fin de compte, de fournir à l'industrie des données qui permettent d'améliorer les soins prodigués aux patients.
Fondée en 2012, l'entreprise compte actuellement plus de 500 employés et connaît une croissance rapide. Outre son siège à San Diego, elle dispose de laboratoires et d'installations opérationnelles à Ann Arbor, dans le Michigan, et à Dallas, au Texas. Alors que l'entreprise continue de se développer, ses besoins en matière de stockage de données continuent de croître de manière exponentielle.
La croissance des charges de travail de séquençage génétique à forte intensité de données nécessite un stockage efficace et évolutif pour des milliards de fichiers
Au fil des ans, le travail de Progenity dans le domaine du séquençage génétique a généré plus d'un milliard de fichiers. Selon David Meiser, architecte de solutions pour les applications Linux et Windows chez Progenity, "ce rythme s'accélère. D'ici deux ans, nous pourrions avoir un autre milliard de fichiers"
Avec sa croissance rapide et ses flux de travail intensifs en données, Progenity savait que son ancien fournisseur de stockage ne serait pas en mesure de répondre à ses besoins futurs. "Après quelques années avec notre système de stockage d'origine, nous avons réalisé que la façon dont la société travaillait n'était pas un bon modèle pour nous", a déclaré Meiser, faisant référence à la fois aux coûts élevés et à l'efficacité du stockage.
"L'un des problèmes qui se posait toujours était la surcharge importante des fichiers. Les fichiers que nous écrivons sont très petits et la taille des blocs de notre ancien système de stockage était très grande", explique M. Meiser. "Nous avons constaté que nous ne pouvions pas effectuer d'analyse sur place parce que les temps d'accès étaient très élevés
Meilleur rapport coût-densité pour les opérations de séquençage génétique avec un accès rapide sur site ou dans le nuage
Progenity a choisi la plate-forme de données de fichiers Qumulo pour les environnements de cloud hybride afin de remplacer son fournisseur hérité en 2016. Qumulo a été en mesure d'offrir une solution abordable pour Progenity, sans sacrifier la performance ou l'évolutivité. Le stockage Qumulo fonctionne également à la fois sur site et dans le cloud public, un autre avantage clé pour la migration prévue de Progenity vers le cloud.
Selon Meisner. Architecte de solutions, "Qumulo gère très bien les petits fichiers, ce qui nous ramène encore une fois à la question des coûts, car nous obtenons une meilleure densité de coûts. Même si nous payons le même prix pour un gigaoctet de données sur Qumulo que pour notre ancien système, nous en aurons toujours plus pour notre argent"
M. Meiser estime que, de manière prudente, Progenity économise 13 % d'espace de stockage avec Qumulo par rapport à son fournisseur précédent, mais il note que les économies réelles se situent probablement plutôt entre 17 et 20 %.
Facteurs de réussite : visibilité en temps réel, prise en charge de plusieurs protocoles d'accès aux fichiers et facilité d'accès à l'informatique en nuage
La capacité de Qumulo à fournir visibilité en temps réel de l'utilisation des données la mise en place d'un système de gestion de l'information, y compris les points chauds et les inefficacités, s'est avérée être un avantage important. "Maintenant que nous l'avons, nous l'apprécions beaucoup. Lors de la migration de l'ancien système vers Qumulo, nous avons pu déterminer quels fichiers les personnes chargées de la recherche et du développement pouvaient supprimer afin de ne pas gaspiller de l'espace de stockage."
La prise en charge par Qumulo des protocoles NFS (Network File System) et SMB (Server Message Block) est un autre avantage clé pour Progenity. Selon Meisner, "nous devons être en mesure d'écrire des données sur SMB et de lire ces données sur NFS. C'est notre principal atout pour l'analyse des données"
Les données de Progenity proviennent des séquenceurs Illumina, qui fournissent des résultats directement au cluster Qumulo via SMB. Les données sont également copiées sur le cluster de calcul NGS (séquençage de nouvelle génération), qui comprend un stockage local utilisé pour l'analyse informatique proprement dite à l'aide du protocole NFS.
La société prévoit de déplacer son cluster de calcul de séquençage de nouvelle génération (NGS) dans le nuage et d'utiliser Qumulo pour gérer son stockage dans le nuage public sur AWS. La fonction de réplication continue de Qumulo garantit que les partages locaux seront maintenus à jour. L'équipe d'assistance à la clientèle de Qumulo sera présente pour garantir le succès.
"Nous avons été extrêmement satisfaits des réponses que nous avons obtenues de Qumulo à tous les niveaux", a déclaré Meisner. "L'un des principaux arguments de vente est d'avoir un canal Slack où je peux immédiatement contacter Qumulo Care pour toute question, qu'elle soit grande ou petite. Nous utilisons beaucoup cette fonctionnalité et nous l'aimons vraiment."
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