Progenity lleva a cabo investigaciones biotecnológicas para mejorar la atención al paciente: las operaciones de secuenciación genética producen miles de millones de pequeños archivos utilizados para pruebas de diagnóstico, y todos ellos se alojan en la plataforma de gestión de datos de archivos de Qumulo.
Progenity, Inc. es una empresa de biotecnología que proporciona a los médicos pruebas complejas de diagnóstico molecular y especializado para la salud de la mujer, la medicina reproductiva y la oncología. Progenity lleva a cabo investigaciones de secuenciación genética en áreas como las pruebas de portadores genéticos, el cribado de CFDNA y las pruebas de cáncer para fomentar la difusión de la información y, en última instancia, proporcionar a la industria datos que conduzcan a una mejor atención al paciente.
La empresa se fundó en 2012, cuenta actualmente con más de 500 empleados y está creciendo rápidamente. Además de su sede en San Diego, cuenta con instalaciones de laboratorio y operaciones en Ann Arbor (Michigan) y Dallas (Texas). A medida que la empresa sigue expandiéndose, sus necesidades de almacenamiento de datos siguen creciendo exponencialmente.
Las crecientes cargas de trabajo de secuenciación genética con uso intensivo de datos requieren un almacenamiento eficiente y escalable para miles de millones de archivos
A lo largo de los años, el trabajo de Progenity en secuenciación genética ha generado más de mil millones de archivos. Según David Meiser, arquitecto de soluciones para aplicaciones Linux y Windows en Progenity, "ese ritmo se está acelerando. Dentro de dos años, podríamos tener otros mil millones de archivos"
Con su rápido crecimiento y sus flujos de trabajo intensivos en datos, Progenity sabía que su anterior proveedor de almacenamiento no podría satisfacer sus necesidades futuras. "Tras unos años con nuestro sistema de almacenamiento original, nos dimos cuenta de que la forma de trabajar de la empresa no era un buen modelo para nosotros", afirma Meiser, refiriéndose tanto a los elevados costes como a la eficiencia del almacenamiento.
"Un problema que siempre estuvo presente fue que había una importante sobrecarga de archivos. Los archivos que escribimos son muy pequeños, y el tamaño de bloque de nuestro antiguo sistema de almacenamiento era muy grande", explica Meiser. "Nos dimos cuenta de que no podíamos hacer análisis in situ porque los tiempos de acceso eran muy elevados"
Mejor relación coste-densidad para las operaciones de secuenciación genética con acceso rápido en las instalaciones o en la nube
Progenity seleccionó la plataforma Qumulo File Data Platform para entornos de nube híbrida para sustituir a su proveedor heredado en 2016. Qumulo fue capaz de ofrecer una solución asequible para Progenity, sin sacrificar el rendimiento o la escalabilidad. El almacenamiento de Qumulo también funciona tanto en las instalaciones como en la nube pública, otra ventaja clave para la migración prevista de Progenity a la nube.
Según Meisner. Arquitecto de soluciones, "Qumulo gestiona muy bien los archivos pequeños, y eso vuelve a incidir en el coste, porque estamos obteniendo una mejor densidad de costes. Incluso si pagáramos lo mismo por un gigabyte de datos en Qumulo que por nuestro sistema heredado, seguiríamos obteniendo una mejor relación calidad-precio."
Meiser estimó que, de forma conservadora, Progenity ahorra un 13% de espacio de almacenamiento con Qumulo en comparación con su proveedor anterior, pero señaló que el ahorro real se sitúa probablemente entre el 17% y el 20%.
Factores de éxito: visibilidad en tiempo real, compatibilidad con varios protocolos de acceso a archivos y facilidad de acceso a la nube
La capacidad de Qumulo para proporcionar visibilidad en tiempo real del uso de los datos la posibilidad de detectar puntos conflictivos e ineficiencias ha demostrado ser una ventaja importante. "Ahora que lo tenemos, lo apreciamos mucho. Mientras migrábamos del sistema heredado a Qumulo, pudimos averiguar qué archivos podía eliminar la gente de investigación y desarrollo para no malgastar almacenamiento."
La compatibilidad de Qumulo con los protocolos de sistema de archivos de red (NFS) y de bloque de mensajes de servidor (SMB) es otra ventaja clave para Progenity. Según Meisner, "tenemos que ser capaces de escribir datos en SMB y leerlos en NFS. Esa es nuestra gran historia para cómo analizamos los datos"
Los datos de entrada de Progenity proceden de los secuenciadores Illumina, que envían los resultados directamente al clúster Qumulo a través de SMB. Los datos también se copian en el clúster de computación NGS (secuenciación de nueva generación), que incluye almacenamiento local utilizado para el análisis computacional real mediante el protocolo NFS.
La empresa tiene previsto trasladar a la nube su clúster informático de secuenciación de próxima generación (NGS) y utilizar Qumulo para gestionar su almacenamiento en la nube pública de AWS. La función de replicación continua de Qumulo garantiza que los recursos compartidos locales se mantendrán actualizados. El equipo de atención al cliente de Qumulo estará a su disposición para garantizar el éxito.
"Estamos muy contentos con las respuestas que hemos recibido de Qumulo a todos los niveles", afirma Meisner. "Uno de los mayores puntos de venta es tener un canal de Slack donde puedo ponerme en contacto inmediatamente con Qumulo Care para cualquier tipo de pregunta, ya sea grande o pequeña. Usamos mucho esa función y nos encanta"
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