プロジェニティは、患者の治療を改善するためのバイオテクノロジー研究を行っています。遺伝子配列決定作業では、診断検査に使用される数十億もの小さなファイルが生成されますが、そのすべてがQumuloのファイルデータ管理プラットフォームに格納されています。
プロジェニティ社 は、女性の健康、生殖医療、腫瘍学のための複雑な分子・特殊診断検査を臨床医に提供するバイオテクノロジー企業である。プロジェニティは、遺伝的キャリア検査、CFDNAスクリーニング、がん検査などの分野で遺伝子配列研究を行い、情報の普及を促し、最終的にはより良い患者ケアにつながるデータを業界に提供している。
同社は2012年に設立され、現在500人以上の従業員を抱え、急成長を遂げている。サンディエゴの本社に加え、ミシガン州アナーバーとテキサス州ダラスにラボとオペレーション施設を持つ。同社が拡大を続けるにつれ、データ・ストレージのニーズも指数関数的に増え続けている。
データ集約的な遺伝子配列ワークロードの増加により、何十億ものファイルを効率的かつスケーラブルに保存できるストレージが必要
長年にわたり、プロジェニティ社の遺伝子シークエンシングの仕事は、10億以上のファイルを生成してきた。プロジェニティのLinuxとWindowsアプリケーションのソリューション・アーキテクトであるデイビッド・マイザーによれば、「そのペースは加速しています。2年以内に、さらに10億のファイルができるかもしれません"。
急成長とデータ集約的なワークフローにより、プロジェニティは以前のストレージ・ベンダーでは将来のニーズを満たせなくなることを知っていた。「最初のストレージ・システムを数年使用した後、その会社のやり方が当社にとって良いモデルではないことに気づきました。
「常に存在していた問題のひとつは、ファイルのオーバーヘッドが大きかったことです。私たちが書くファイルは非常に小さく、古いストレージ・システムのブロック・サイズは非常に大きかったのです」とマイザー氏は説明する。「アクセス時間が非常に長いため、インプレース分析ができないことがわかりました」。
オンプレミスまたはクラウドでの迅速なアクセスにより、遺伝子シーケンス業務のコスト密度価値を向上
プロジェニティは2016年、レガシーベンダーの代わりにハイブリッドクラウド環境向けのQumulo File Data Platformを選択した。Qumuloは、パフォーマンスや拡張性を犠牲にすることなく、Progenityに手頃な価格のソリューションを提供することができました。また、Qumuloのストレージはオンプレミスとパブリッククラウドの両方で稼動しており、プロジェニティが計画しているクラウドへの移行にとってもう一つの重要な利点となっている。
マイズナーは言う。ソリューションアーキテクトのマイズナー氏は、「Qumuloは小さなファイルを非常にうまく処理します。Qumuloの1ギガバイトのデータに対して、レガシーシステムと同じ金額を支払っていたとしても、より高い価値を得ていることに変わりはありません。"
マイザー氏は、控えめに見積もって、プロジェニティはQumuloを使用することで、以前のベンダーと比較して、ストレージスペースを13パーセント節約しているが、実際の節約率は17パーセントから20パーセントの間であろうと指摘している。
成功要因：リアルタイムの可視性、複数のファイル・アクセス・プロトコルのサポート、クラウドへの容易なパス
クムロの提供能力 データ使用状況のリアルタイム可視化 ホットスポットや非効率性など、重要な利点があることが証明された。「Qumuloを導入して、非常に感謝しています。レガシーシステムからQumuloに移行する際、研究開発者がどのファイルを削除すればストレージを無駄にしないかを把握することができました。"
Qumuloがネットワーク・ファイル・システム（NFS）とサーバー・メッセージ・ブロック（SMB）プロトコルの両方をサポートしていることも、Progenityにとって重要な利点である。マイズナー氏によれば、「SMBでデータを書き込み、NFSでデータを読み返すことができなければなりません。これがデータ解析の大きなポイントです」。
Progenityのデータ入力はイルミナシーケンサーから行われ、SMB経由でQumuloクラスターに直接結果が送られる。データはNGS（次世代シーケンサー）コンピュートクラスタにもコピーされ、NFSプロトコルを使用して実際の計算解析に使用されるローカルストレージが含まれる。
同社は、次世代シーケンサー（NGS）のコンピュート・クラスターをクラウドに移行し、AWS上のパブリック・クラウド・ストレージの管理にQumuloを利用する計画だ。Qumuloの継続的レプリケーション機能により、ローカル共有は常に最新の状態に保たれます。Qumuloのカスタマーケアチームは、成功を確実にするために待機しています。
「私たちは、Qumuloのあらゆるレベルの回答に非常に満足しています。「最大のセールスポイントのひとつは、Slackチャンネルがあり、大小にかかわらず、どんな質問でもすぐにQumulo Careに連絡できることです。私たちはこの機能をよく使っており、本当に気に入っています。"
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