Progenity führt biotechnologische Forschungen durch, um die Patientenversorgung zu verbessern: Gensequenzierungsoperationen produzieren Milliarden kleiner Dateien, die für diagnostische Tests verwendet werden, und alle werden auf der Dateidatenverwaltungsplattform von Qumulo gespeichert.
Nachkommenschaft, Inc. ist ein Biotechnologieunternehmen, das Klinikern komplexe molekulare und spezialisierte diagnostische Tests für die Gesundheit von Frauen, Reproduktionsmedizin und Onkologie anbietet. Progenity führt genetische Sequenzierungsforschung in Bereichen wie Genträgertests, CFDNA-Screening und Krebstests durch, um die Verbreitung von Informationen zu fördern und letztendlich der Industrie Daten bereitzustellen, die zu einer besseren Patientenversorgung führen.
Das Unternehmen wurde 2012 gegründet, beschäftigt derzeit mehr als 500 Mitarbeiter und wächst rasant. Neben seinem Hauptsitz in San Diego verfügt das Unternehmen über Labor- und Betriebseinrichtungen in Ann Arbor, Michigan und Dallas, Texas. Während das Unternehmen weiter expandiert, wächst sein Bedarf an Datenspeicherung weiterhin exponentiell.
Wachsende datenintensive Arbeitslasten bei der genetischen Sequenzierung erfordern einen effizienten, skalierbaren Speicher für Milliarden von Dateien
Im Laufe der Jahre hat die Arbeit von Progenity im Bereich der genetischen Sequenzierung mehr als eine Milliarde Dateien generiert. David Meiser, Solutions Architect für Linux- und Windows-Anwendungen bei Progenity, sagt: „Dieses Tempo beschleunigt sich. Innerhalb von zwei Jahren könnten wir eine weitere Milliarde Dateien haben.“
Mit seinem schnellen Wachstum und seinen datenintensiven Arbeitsabläufen wusste Progenity, dass sein bisheriger Speicheranbieter seine zukünftigen Anforderungen nicht erfüllen konnte. „Nach einigen Jahren mit unserem ursprünglichen Lagersystem haben wir gemerkt, dass die Arbeitsweise des Unternehmens für uns kein gutes Modell war“, sagte Meiser und verwies sowohl auf die hohen Kosten als auch auf die Lagereffizienz.
„Ein Problem, das immer vorhanden war, war der erhebliche Datei-Overhead. Die Dateien, die wir schreiben, sind sehr klein und die Blockgröße unseres alten Speichersystems war sehr groß“, erklärt Meiser. „Wir stellten fest, dass wir keine Analyse vor Ort durchführen konnten, da die Zugriffszeiten sehr hoch waren.“
Besseres Kosten-Dichte-Verhältnis für genetische Sequenzierungsvorgänge mit schnellem Zugriff vor Ort oder in der Cloud
Progenity entschied sich 2016 für die Qumulo File Data Platform für hybride Cloud-Umgebungen, um seinen Legacy-Anbieter zu ersetzen. Qumulo war in der Lage, eine kostengünstige Lösung für Progenity anzubieten, ohne auf Leistung oder Skalierbarkeit zu verzichten. Qumulo-Speicher läuft auch sowohl lokal als auch in der Public Cloud, ein weiterer wichtiger Vorteil für die geplante Migration von Progenity in die Cloud.
Laut Meisner. Solutions Architect: „Qumulo verarbeitet kleine Dateien sehr gut, und das geht wiederum auf die Kosten zurück, da wir eine bessere Kostendichte erzielen. Selbst wenn wir für ein Gigabyte an Daten auf Qumulo genauso viel bezahlen würden wie für unser Legacy-System, würden wir immer noch ein besseres Preis-Leistungs-Verhältnis erzielen.“
Meiser schätzt, dass Progenity mit Qumulo im Vergleich zum vorherigen Anbieter konservativ 13 Prozent Speicherplatz spart, aber er merkte an, dass die tatsächlichen Einsparungen wahrscheinlich zwischen 17 und 20 Prozent liegen.
Erfolgsfaktoren: Echtzeit-Transparenz, Unterstützung mehrerer Dateizugriffsprotokolle und ein einfacher Weg in die Cloud
Qumulos Fähigkeit zur Bereitstellung Echtzeit-Einblick in die Datennutzung, einschließlich Hotspots und Ineffizienzen, hat sich als wichtiger Vorteil erwiesen. „Jetzt, wo wir es haben, wissen wir es sehr zu schätzen. Als wir vom Legacy-System zu Qumulo migrierten, konnten wir herausfinden, welche Dateien die Mitarbeiter von Forschung und Entwicklung löschen konnten, damit wir keinen Speicherplatz verschwendeten.“
Die Unterstützung von Qumulo sowohl für Network File System (NFS) als auch für Server Message Block (SMB) Protokolle ist ein weiterer wichtiger Vorteil für Progenity. Laut Meisner, „Wir müssen in der Lage sein, Daten über SMB zu schreiben und diese Daten über NFS zurückzulesen. Das ist unsere große Geschichte bei der Datenanalyse.“
Die Dateneingaben von Progenity stammen von Illumina-Sequenzern, die Ergebnisse direkt über SMB an den Qumulo-Cluster liefern. Die Daten werden auch in den NGS-Rechencluster (Next Generation Sequencing) kopiert, der einen lokalen Speicher enthält, der für die eigentliche Computeranalyse unter Verwendung des NFS-Protokolls verwendet wird.
Das Unternehmen plant, seinen Next-Generation-Sequencing (NGS)-Rechencluster in die Cloud zu verlagern und Qumulo zur Verwaltung seines öffentlichen Cloud-Speichers auf AWS zu verwenden. Die kontinuierliche Replikationsfunktion von Qumulo stellt sicher, dass lokale Freigaben auf dem neuesten Stand gehalten werden. Das Customer Care-Team von Qumulo wird zur Stelle sein, um den Erfolg sicherzustellen.
„Wir sind überaus zufrieden mit den Antworten, die wir von Qumulo auf allen Ebenen erhalten haben“, sagte Meisner. „Eines der größten Verkaufsargumente ist ein Slack-Kanal, über den ich mich bei jeder Art von Frage, ob groß oder klein, sofort mit Qumulo Care in Verbindung setzen kann. Wir nutzen diese Funktion oft und wir lieben sie wirklich.“
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