A Progenity realiza pesquisas em biotecnologia para melhorar o atendimento aos pacientes: as operações de sequenciamento genético geram bilhões de pequenos arquivos utilizados em exames diagnósticos, e todos eles são armazenados na plataforma de gerenciamento de dados de arquivos da Qumulo.
Progenity, Inc. é uma empresa de biotecnologia que fornece aos profissionais da área clínica exames diagnósticos moleculares complexos e especializados nas áreas de saúde da mulher, medicina reprodutiva e oncologia. A Progenity realiza pesquisas de sequenciamento genético em áreas como testes de portadores de doenças genéticas, triagem de CFDNA e exames oncológicos, com o objetivo de promover a disseminação de informações e, em última instância, fornecer ao setor dados que levem a um melhor atendimento ao paciente.
A empresa foi fundada em 2012, conta atualmente com mais de 500 funcionários e está crescendo rapidamente. Além de sua sede em San Diego, possui laboratórios e instalações operacionais em Ann Arbor, Michigan, e em Dallas, Texas. À medida que a empresa continua a se expandir, suas necessidades de armazenamento de dados continuam a crescer exponencialmente.
O aumento das cargas de trabalho de sequenciamento genético, que envolvem grande volume de dados, exige um armazenamento eficiente e escalável para bilhões de arquivos
Ao longo dos anos, o trabalho da Progenity na área de sequenciamento genético gerou mais de um bilhão de arquivos. Segundo David Meiser, arquiteto de soluções para aplicativos Linux e Windows da Progenity, “Esse ritmo está se acelerando. Em dois anos, poderemos ter mais um bilhão de arquivos.”
Com seu rápido crescimento e fluxos de trabalho que exigem grande volume de dados, a Progenity sabia que seu fornecedor anterior de armazenamento não seria capaz de atender às suas necessidades futuras. “Após alguns anos com nosso sistema de armazenamento original, percebemos que a forma como a empresa funcionava não era um bom modelo para nós”, disse Meiser, referindo-se tanto aos altos custos quanto à eficiência do armazenamento.
“Um problema que sempre esteve presente era a existência de uma sobrecarga significativa nos arquivos. Os arquivos que gravamos são muito pequenos, e o tamanho dos blocos do nosso antigo sistema de armazenamento era muito grande”, explicou Meiser. “Descobrimos que não podíamos fazer a análise no próprio local porque os tempos de acesso eram extremamente altos.”
Melhor relação custo-densidade para operações de sequenciamento genético, com acesso rápido no local ou na nuvem
A Progenity escolheu a Qumulo File Data Platform para ambientes de nuvem híbrida a fim de substituir seu fornecedor anterior em 2016. A Qumulo conseguiu oferecer uma solução acessível para a Progenity, sem comprometer o desempenho nem a escalabilidade. O armazenamento da Qumulo também funciona tanto no local quanto na nuvem pública, outra vantagem fundamental para a migração planejada da Progenity para a nuvem.
De acordo com Meisner, arquiteto de soluções, “o Qumulo lida muito bem com arquivos pequenos, e isso, mais uma vez, se resume ao custo, pois estamos obtendo uma melhor densidade de custo. Mesmo que estivéssemos pagando o mesmo por um gigabyte de dados no Qumulo que pagávamos pelo nosso sistema antigo, ainda assim estaríamos obtendo um melhor custo-benefício.”
Meiser estimou que, em uma estimativa conservadora, a Progenity economiza 13% em espaço de armazenamento com a Qumulo em comparação com seu fornecedor anterior, mas observou que a economia real provavelmente fica entre 17% e 20%.
Fatores de sucesso: visibilidade em tempo real, suporte a vários protocolos de acesso a arquivos e uma transição fácil para a nuvem
A capacidade da Qumulo de oferecer visibilidade em tempo real do uso de dados, incluindo pontos de congestionamento e ineficiências, tem se mostrado um benefício importante. “Agora que temos isso, valorizamos muito. Durante a migração do sistema antigo para o Qumulo, conseguimos identificar quais arquivos a equipe de pesquisa e desenvolvimento poderia excluir, para não desperdiçarmos espaço de armazenamento.”
O suporte da Qumulo aos protocolos NFS (Network File System) e SMB (Server Message Block) é outra vantagem fundamental para a Progenity. Segundo Meisner, “Precisamos ser capazes de gravar dados via SMB e lê-los de volta via NFS. Esse é o nosso grande diferencial na forma como analisamos os dados.”
Os dados de entrada da Progenity provêm de sequenciadores Illumina, que enviam os resultados diretamente para o cluster Qumulo por meio do protocolo SMB. Os dados também são copiados para o cluster de computação de NGS (sequenciamento de última geração), que inclui um armazenamento local utilizado para a análise computacional propriamente dita, por meio do protocolo NFS.
A empresa planeja migrar seu cluster de computação de sequenciamento de última geração (NGS) para a nuvem e utilizar o Qumulo para gerenciar seu armazenamento em nuvem pública na AWS. O recurso de replicação contínua do Qumulo garante que os compartilhamentos locais sejam mantidos atualizados. A equipe de Atendimento ao Cliente da Qumulo estará à disposição para garantir o sucesso da iniciativa.
“Estamos extremamente satisfeitos com as respostas que recebemos da Qumulo em todos os níveis”, disse Meisner. “Um dos maiores diferenciais é ter um canal no Slack onde posso entrar em contato imediatamente com o Qumulo Care para qualquer tipo de dúvida, seja ela grande ou pequena. Usamos muito esse recurso e realmente adoramos.”
Leia o artigo completo estudo de caso: Ajudando a Progenity a planejar seu futuro: serviço, valor e escala
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