Progenity betreibt biotechnologische Forschung zur Verbesserung der Patientenversorgung: Bei der Gensequenzierung entstehen Milliarden kleiner Dateien, die für diagnostische Tests verwendet werden, und alle diese Dateien werden auf der Dateimanagement-Plattform von Qumulo gespeichert.
Progenity, Inc. ist ein Biotechnologieunternehmen, das Ärzten komplexe molekulare und spezialisierte diagnostische Tests für die Frauengesundheit, die Reproduktionsmedizin und die Onkologie zur Verfügung stellt. Progenity betreibt Forschung im Bereich der Gensequenzierung, unter anderem bei Gentests zur Trägererkennung, beim CFDNA-Screening und bei Krebsuntersuchungen, um den Informationsaustausch zu fördern und der Branche letztlich Daten zur Verfügung zu stellen, die zu einer besseren Patientenversorgung führen.
Das Unternehmen wurde 2012 gegründet, beschäftigt derzeit mehr als 500 Mitarbeiter und wächst rasant. Neben dem Hauptsitz in San Diego verfügt es über Labor- und Betriebsstätten in Ann Arbor (Michigan) und Dallas (Texas). Im Zuge der weiteren Expansion des Unternehmens steigt auch der Bedarf an Datenspeicherplatz weiterhin exponentiell an.
Die zunehmende Zahl datenintensiver Aufgaben im Bereich der Gensequenzierung erfordert einen effizienten, skalierbaren Speicher für Milliarden von Dateien
Im Laufe der Jahre sind durch die Arbeit von Progenity im Bereich der Gensequenzierung mehr als eine Milliarde Dateien entstanden. David Meiser, Solutions Architect für Linux- und Windows-Anwendungen bei Progenity, erklärt: „Dieses Tempo nimmt zu. Innerhalb von zwei Jahren könnten wir eine weitere Milliarde Dateien haben.“
Angesichts des rasanten Wachstums und der datenintensiven Arbeitsabläufe war Progenity klar, dass sein bisheriger Speicheranbieter die zukünftigen Anforderungen nicht erfüllen könnte. „Nach einigen Jahren mit unserem ursprünglichen Speichersystem wurde uns bewusst, dass die Arbeitsweise des Unternehmens kein geeignetes Modell für uns war“, erklärte Meiser und bezog sich dabei sowohl auf die hohen Kosten als auch auf die Speichereffizienz.
„Ein Problem, das stets bestand, war der erhebliche Dateiaufwand. Die Dateien, die wir schreiben, sind sehr klein, und die Blockgröße unseres alten Speichersystems war sehr groß“, erklärte Meiser. „Wir stellten fest, dass wir keine In-Place-Analysen durchführen konnten, da die Zugriffszeiten extrem lang waren.“
Besseres Preis-Leistungs-Verhältnis bei der Gensequenzierung mit schnellem Zugriff vor Ort oder in der Cloud
Progenity entschied sich 2016 für die Qumulo File Data Platform für Hybrid-Cloud-Umgebungen, um seinen bisherigen Anbieter abzulösen. Qumulo konnte Progenity eine kostengünstige Lösung anbieten, ohne dabei Abstriche bei der Leistung oder Skalierbarkeit zu machen. Der Qumulo-Speicher lässt sich zudem sowohl vor Ort als auch in der öffentlichen Cloud betreiben – ein weiterer entscheidender Vorteil für die von Progenity geplante Migration in die Cloud.
Meisner, Solutions Architect, erklärt: „Qumulo kommt sehr gut mit kleinen Dateien zurecht, und das hängt wiederum mit den Kosten zusammen, da wir eine bessere Kostendichte erzielen. Selbst wenn wir für ein Gigabyte Daten bei Qumulo genauso viel bezahlen würden wie für unser Altsystem, hätten wir immer noch ein besseres Preis-Leistungs-Verhältnis.“
Meiser schätzte, dass Progenity mit Qumulo im Vergleich zum bisherigen Anbieter konservativ geschätzt 13 Prozent an Speicherplatz einspart, merkte jedoch an, dass die tatsächlichen Einsparungen wahrscheinlich eher zwischen 17 und 20 Prozent liegen.
Erfolgsfaktoren: Transparenz in Echtzeit, Unterstützung mehrerer Dateizugriffsprotokolle und ein einfacher Weg in die Cloud
Die Fähigkeit von Qumulo, Echtzeit-Einblick in die Datennutzung, einschließlich Engpässen und Ineffizienzen, hat sich als wichtiger Vorteil erwiesen. „Jetzt, wo wir diese Funktion haben, wissen wir sie sehr zu schätzen. Während der Migration vom Altsystem zu Qumulo konnten wir herausfinden, welche Dateien die Mitarbeiter aus der Forschung und Entwicklung löschen konnten, sodass wir keinen Speicherplatz verschwendeten.“
Die Unterstützung sowohl des Network File System (NFS) als auch des Server Message Block (SMB) durch Qumulo ist ein weiterer entscheidender Vorteil für Progenity. Meisner erklärt: „Wir müssen in der Lage sein, Daten über SMB zu schreiben und diese Daten dann über NFS wieder auszulesen. Das ist der entscheidende Aspekt bei unserer Datenanalyse.“
Die Dateneingaben von Progenity stammen von Illumina-Sequenzierern, die die Ergebnisse über SMB direkt an den Qumulo-Cluster übermitteln. Die Daten werden zudem in den NGS-Rechencluster (Next-Generation-Sequencing) kopiert, der über lokalen Speicher verfügt, der für die eigentliche rechnergestützte Analyse unter Verwendung des NFS-Protokolls genutzt wird.
Das Unternehmen plant, seinen Rechencluster für Next-Generation-Sequencing (NGS) in die Cloud zu verlagern und Qumulo für die Verwaltung seines Public-Cloud-Speichers auf AWS einzusetzen. Die Funktion zur kontinuierlichen Replikation von Qumulo stellt sicher, dass die lokalen Freigaben stets auf dem neuesten Stand bleiben. Das Customer-Care-Team von Qumulo steht bereit, um den Erfolg des Projekts zu gewährleisten.
„Wir sind auf allen Ebenen äußerst zufrieden mit den Antworten, die wir von Qumulo erhalten haben“, sagte Meisner. „Eines der größten Pluspunkte ist der Slack-Kanal, über den ich mich bei jeder Art von Frage – egal ob groß oder klein – sofort an Qumulo Care wenden kann. Wir nutzen diese Funktion sehr häufig und sind wirklich begeistert davon.“
Lesen Sie den vollständigen Artikel Fallstudie: Progenity bei der Zukunftsplanung unterstützen: Service, Mehrwert und Reichweite
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