Aider le plan de production pour son avenir: service, valeur et envergure avec Qumulo

Progenity, Inc. est une société de biotechnologie privée qui fournit aux cliniciens des tests de diagnostic moléculaires complexes et spécialisés pour la santé des femmes, la médecine de la reproduction et l'oncologie. Progenity mène des recherches dans des domaines tels que les tests de porteurs génétiques, le dépistage de l'ADNCF et les tests du cancer pour encourager la diffusion d'informations et, en fin de compte, fournir à l'industrie des données permettant d'améliorer les soins aux patients.

La société a été fondée à 2012, emploie actuellement plus de 500 et connaît une croissance rapide. En plus de son siège à San Diego, elle dispose de laboratoires et d’opérations à Ann Arbor, dans le Michigan, et à Dallas, au Texas.

Leur opération de séquençage génétique, qui produit des milliards de petits fichiers, est hébergée dans le logiciel Qumulo.

Les charges de travail intensives en données nécessitent un stockage efficace et évolutif

Alors que la société continue de se développer, ses besoins en stockage de données augmentent également de manière exponentielle. Au fil des ans, les travaux de Progenity dans le domaine du séquençage génétique ont généré plus d'un milliard de fichiers. Selon David Meiser, architecte de solutions pour les applications Linux et Windows chez Progenity, «Ce rythme s'accélère. Dans deux ans, nous pourrions avoir encore un milliard de fichiers. »

Avec sa croissance rapide et ses flux de travail gourmands en données, Progenity savait que son ancien fournisseur de stockage ne serait pas en mesure de répondre à ses besoins futurs. «Après quelques années avec notre système de stockage d'origine, nous avons réalisé que la façon dont l'entreprise fonctionnait n'était pas un bon modèle pour nous», a déclaré Meiser, faisant référence à la fois aux coûts élevés et à l'efficacité du stockage.

«Un problème qui était toujours présent était qu'il y avait une surcharge de fichiers importante», a déclaré Meiser, «Les fichiers que nous écrivons sont très petits et la taille de bloc de notre ancien système de stockage était très grande.» De plus, Meiser a expliqué: «Nous avons constaté que nous ne pouvions pas effectuer d'analyse sur place car les temps d'accès étaient très élevés.»

Valeur actuelle et future, sur site ou dans le cloud

Progenity a choisi le système de stockage de fichiers en cloud hybride de Qumulo pour remplacer son ancien fournisseur 2016. Qumulo a été en mesure d’offrir une solution abordable pour la productivité, sans sacrifier les performances ni l’évolutivité. Le stockage Qumulo fonctionne également à la fois sur site et dans le cloud public, un autre avantage clé, car Progenity planifie une éventuelle migration vers le cloud.

«Qumulo gère très bien les petits fichiers, et cela revient à nouveau au coût car nous obtenons une meilleure densité de coûts. Même si nous payions la même chose pour un gigaoctet de données sur Qumulo que pour notre système hérité, nous aurions toujours un meilleur rapport qualité-prix », a déclaré Meiser.

Meiser a estimé que, de manière conservatrice, Progenity économisait 13 pour cent sur l’espace de stockage avec Qumulo par rapport à son fournisseur précédent, mais il a fait remarquer que les économies effectives sont probablement davantage entre 17 et 20.

Pourquoi Qumulo?

Visibilité en temps réel
La capacité de Qumulo à fournir une visibilité en temps réel de l'utilisation des données, notamment des points chauds et des inefficacités, s'est avérée être un avantage important. «Maintenant que nous l'avons, nous l'apprécions beaucoup. Lors de la migration de l'ancien système vers Qumulo, nous avons pu déterminer quels fichiers les personnes affectées à la recherche et au développement pourraient supprimer afin d'éviter de gaspiller de la mémoire. "

Prise en charge de plusieurs protocoles
La prise en charge par Qumulo des protocoles de système de fichiers réseau (NFS) et de bloc de messages serveur (SMB) est un autre avantage clé pour Progenity. Meiser a déclaré: «Nous devons être capables d'écrire des données via SMB et de les relire via NFS. C'est notre grande histoire pour la façon dont nous analysons les données. »

Les données de Progenity proviennent des séquenceurs Illumina, qui fournissent des résultats directement au cluster Qumulo via SMB. Les données sont également copiées dans le cluster de calcul NGS (séquençage de nouvelle génération), qui comprend le stockage local utilisé pour l'analyse informatique à l'aide du protocole NFS.

Un chemin facile vers le nuage
Progenity prévoit de migrer son cluster de calcul NGS (séquençage de prochaine génération) vers le cloud et d’utiliser Qumulo for AWS pour son stockage dans le cloud public. La fonctionnalité de réplication continue de Qumulo garantit la mise à jour des partages locaux.

Actuellement, le cluster NGS sur site de Progenity est sous-utilisé - il n'est utilisé qu'environ 50% du temps. «Si nous pouvions transférer ce travail local vers AWS, nous finirions par économiser de l'argent. Sur site, le calcul ne consomme que de l'énergie et des ressources. Si nous devions le déplacer vers AWS, nous n'aurions à payer que pour les ressources que nous utilisons », a déclaré Meiser.

Assurer le succès avec Qumulo Care

Meiser est convaincu que Qumulo sera toujours là pour répondre aux questions et préoccupations de son équipe. «Nous avons été extrêmement satisfaits des réponses que nous avons obtenues de Qumulo à tous les niveaux. L'un des principaux arguments de vente est d'avoir un canal Slack où je peux immédiatement contacter Qumulo Care pour toute sorte de question, qu'elle soit grande ou petite. Nous utilisons beaucoup cette fonctionnalité et nous l'aimons vraiment », a déclaré Meiser.