Ayudando al plan de progenie para su futuro: servicio, valor y escala con Qumulo

Progenity, Inc. es una empresa de biotecnología de propiedad privada que proporciona a los médicos pruebas de diagnóstico moleculares complejas y especializadas para la salud de la mujer, la medicina reproductiva y la oncología. Progenity realiza investigaciones en áreas como las pruebas de portadores genéticos, la detección de CFDNA y las pruebas de cáncer para fomentar la difusión de información y, en última instancia, proporcionar a la industria datos que conduzcan a una mejor atención al paciente.

La compañía fue fundada en 2012, actualmente tiene más de 500 empleados y está creciendo rápidamente. Además de su sede en San Diego, tiene instalaciones de laboratorio y operaciones en Ann Arbor, Michigan y Dallas, Texas.

Su operación de secuenciación genética, que produce miles de millones de archivos pequeños, se encuentra en el software Qumulo.

El aumento de las cargas de trabajo intensivas en datos requiere un almacenamiento eficiente y escalable

A medida que la empresa continúa expandiéndose, sus necesidades de almacenamiento de datos también están creciendo exponencialmente. A lo largo de los años, el trabajo de Progenity en secuenciación genética ha generado más de mil millones de archivos. Según David Meiser, arquitecto de soluciones para aplicaciones Linux y Windows en Progenity, “Ese ritmo se está acelerando. En dos años, podríamos tener otros mil millones de archivos ".

Con su rápido crecimiento y flujos de trabajo intensivos en datos, Progenity sabía que su anterior proveedor de almacenamiento no podría satisfacer sus necesidades futuras. “Después de unos años con nuestro sistema de almacenamiento original, nos dimos cuenta de que la forma en que trabajaba la empresa no era un buen modelo para nosotros”, dijo Meiser, refiriéndose tanto a los altos costos como a la eficiencia del almacenamiento.

"Un problema que siempre estuvo presente fue que hubo una sobrecarga de archivos significativa", dijo Meiser, "los archivos que escribimos son muy pequeños y el tamaño de bloque de nuestro antiguo sistema de almacenamiento era muy grande". Además, Meiser explicó: "Descubrimos que no podíamos hacer análisis en el lugar porque los tiempos de acceso eran muy altos".

Valor hoy y en el futuro, ya sea en las instalaciones o en la nube

Progenity seleccionó el sistema de almacenamiento de archivos en la nube híbrido de Qumulo para reemplazar a su proveedor heredado en 2016. Qumulo pudo ofrecer una solución asequible para Progenity, sin sacrificar el rendimiento o la escalabilidad. El almacenamiento de Qumulo también se ejecuta tanto en las instalaciones como en la nube pública, otra ventaja clave, ya que Progenity está planeando una eventual migración a la nube.

“Qumulo maneja muy bien archivos pequeños, y eso nuevamente se remonta al costo porque estamos obteniendo una mejor densidad de costos. Incluso si estuviéramos pagando lo mismo por un gigabyte de datos en Qumulo que por nuestro sistema heredado, seguiríamos obteniendo un mejor valor por nuestro dinero ”, dijo Meiser.

Meiser estimó que, de manera conservadora, Progenity ahorra 13 por ciento en espacio de almacenamiento con Qumulo en comparación con su proveedor anterior, pero señaló que los ahorros reales probablemente sean más entre 17 y 20 por ciento.

¿Por qué Qumulo?

Visibilidad en tiempo real
La capacidad de Qumulo de proporcionar visibilidad en tiempo real del uso de datos, incluidos los puntos críticos y las ineficiencias, ha demostrado ser un beneficio importante. “Ahora que lo tenemos, lo apreciamos mucho. A medida que estábamos migrando del sistema heredado a Qumulo, pudimos averiguar qué archivos podían eliminar los investigadores y los desarrolladores para no desperdiciar el almacenamiento ".

Soporte multiprotocolo
La compatibilidad de Qumulo con los protocolos del sistema de archivos de red (NFS) y del bloque de mensajes del servidor (SMB) es otra ventaja clave para Progenity. Meiser dijo: “Tenemos que ser capaces de escribir datos en SMB y leer esos datos en NFS. Esa es nuestra gran historia sobre cómo analizamos los datos ".

Las entradas de datos de Progenity provienen de secuenciadores Illumina, que entregan resultados directamente al clúster Qumulo sobre SMB. Los datos también se copian en el clúster de cómputo NGS (secuenciación de próxima generación), que incluye el almacenamiento local utilizado para el análisis computacional real utilizando el protocolo NFS.

Un camino fácil a la nube
Progenity planea trasladar su cluster de cómputo de secuenciación de próxima generación (NGS) a la nube y usar Qumulo para AWS para su almacenamiento en la nube pública. La función de replicación continua de Qumulo asegura que las acciones locales se mantengan actualizadas.

Actualmente, el clúster NGS local de Progenity está infrautilizado: se utiliza solo alrededor del 50 por ciento del tiempo. “Si pudiéramos trasladar ese trabajo local a AWS, terminaríamos ahorrando dinero. En las instalaciones, la computación solo consume energía y recursos. Si tuviéramos que moverlo a AWS, solo tendríamos que pagar por los recursos que usamos ”, dijo Meiser.

Asegurar el éxito con Qumulo Care

Meiser confía en que Qumulo siempre estará allí para abordar las preguntas e inquietudes de su equipo. “Estamos muy contentos con las respuestas que hemos recibido de Qumulo en todos los niveles. Uno de los puntos de venta más importantes es tener un canal de Slack donde puedo ponerme en contacto de inmediato con Qumulo Care para cualquier tipo de pregunta, ya sea grande o pequeña. Usamos mucho esa función y realmente nos encanta ”, dijo Meiser.